Moodustati 1980ndate keskel 2 Indoneesia vaimulike poolt, JI sai terrori kui üks kaas-asutaja, Abdullah Sungkar, puutus Osama bin Ladeni ja al Qaeda. JI on alates leviku terroristide rakukesed kaasata iga riik Kagu-Aasias ja Austraalias. Organisatsiooni peamine eesmärk on luua ühtne Kagu-Aasia islami riik, kus nad tahavad ulatuda Lõuna-Tais, Malaka poolsaarel, Singapur, mis hõlmab läbi ja üle kogu Indoneesia saarestikus Lõuna-Filipiinidel. Nad on kõige aktiivsemad Indoneesia, Malaisia, Tai ja lõunapoolsed saared, Filipiinid, kui nad nõuavad Püha sõda agendid "Lääne imperialismi" vastu, ja teised, kes vastu nende liikumist.

Praegu juhib Vaimulik Abu Bakar Bashir, JI arvatakse olevat responsbile oktoobris 2002 pommirünnakute Bali, Marriott pommitamine augustis 2003 ja pomm U.S. ebaõnnestunud vandenõu ja Iisraeli saatkonnad ja Briti ja Austraalia diplomaatilise hoonete Singapuris ajavahemikuks 1.